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La sixième dynastie des barons de Bray commence avec le fils de Charlotte, Jacques Ier de Savoie. Par un document concernant le chapitre Notre-Dame de Bray, on sait qu'il était baron en 1561. A noter qu'il était également duc de Nemours.

Cependant, malgré les persécutions, les jugements, les bûchers, les idées de la Réforme s'imposaient et des villes entières devenaient protestantes, comme Auxerre, Orléans, Macon, etc....

François Ier, Roi de France                Claude de France, femme du Roi de France

Le moment approchait où Bray allait être disputée entre les factions protestante et catholique.

Dans la région, les hostilités commencèrent par le massacre des protestants de Sens, où une centaine de victimes, hommes, femmes et enfants, fut égorgée et jetée dans l'Yonne. Les protestants répondirent en brisant un grand nombre d'églises et d'objets de culte. Puis la guerre civile se généralisa.

Pour la suite de ce chapitre, nous ferons appel à François Richard qui a très soigneusement étudié cette période.

En ce temps-là, le duc d'Albe, avec des forces espagnoles, avait côtoyé la France à l'Est pour gagner les Flandres où grondait la révolte. D'autre part six mille suisses venaient d'être enrôlés par la France. Les protestants se persuadèrent que ces mouvements de troupe étaient le résultat d'un accord conclu avec l'Espagne pour anéantir la réforme de France et aux Pays-Bas. En fait ils se trompaient.

La France avait engagé les Suisses pour garder ses frontières à l'Est et au Nord pendant les opérations du duc d'Albe, et durant qu'elles se poursuivaient, la cour, loin de se préparer à la lutte, se reposait insouciante au château de Montceaux, près de Meaux, peu ou pas défendu. Elle ignora jusqu'au dernier moment les préparatifs de guerre des protestants et, lorsqu'ils parvinrent à sa connaissance, elle se refusa d'abord à y croire.

La concentration des forces huguenottes s'effectua à Vallery.

Le Prince de Condé avait obtenu cette terre d'une manière indigne d'un homme, surtout d'un prince de sang. sa femme était morte en 1564. Bien que défavorisé au point de vue physique, sa qualité de prince de sang, et de chef des réformés, ainsi que son esprit, le faisait rechercher en mariage par les dames de son parti.

Le Prince de Condé

L'un d'elles crut pouvoir faire agréer sa main. Elle s'appelait Marguerite de Lutrac, et était veuve du Maréchal de Saint-André, tué à la bataille de Dreux en 1562. Elle était immensément riche. Son mari avait fait bâtir un château dans le beau domaine de Vallery et avait entassé dans cette demeure, comme dans d'autres, d'innombrables objets de valeur. L'éclat de cette fortune tentait le Prince de Condé, mais outre qu'il trouvait la prétendante à sa main un peu mure, il était "enchaîné" par une demoiselle d'honneur de la Reine-mère, Isabeau de Limenis dont il allait avoir, ou avait eu un enfant.

Jacques de Savoie

Il hésitait; pour le décider, Marguerite de Lutrac commit l'imprudence, avant la signature de tout contrat, de lui faire cadeau de la terre et du château de Vallery. Condé s'empressa d'accepter mais une fois qu'il eut pris possession du domaine, il refusa la main de sa coreligionnaire enflammée, laquelle dut, un peu plus tard se résigner à une alliance moins illustre. A ce moment, d'ailleurs, Condé, rompant avec l'une et l'autre de ses femmes, se maria avec Françoise d'Orléans, sœur du duc de Longueville, Marquise de Rothelin, dame de Blandy-les-Melun. Et voilà comment la famille de Condé obtint Vallery et comment il se fait que lui-même et tous ses descendants repose actuellement dans l'église de ce petit village.

Les Huguenots avaient pour objectif de surprendre la cour à Montceaux en vue de s'emparer du roi et de l'obliger à souscrire à toutes leurs revendications et exigences. Si Condé n'eut pas eu Vallery, la concentration Huguenotte ne se serait pas effectuée en ce point, la marche des révoltés se serait effectuée de toute autre façon, et la baronnie de Bray aurait probablement été épargnée.

L'armée des protestants, une fois en mouvement, se dirigea sur Montceaux à marches forcées. Le roi et sa cour furent sauvés de justesse grâce au sang froid et à l'intrépidité de Jacques de Savoie, baron de Bray, qui le ramena à Paris, encadrés par les six mille Suisses, talonnés par les troupes de Condé.

La cour désormais en sûreté dans sa capitale, les Huguenots qui campaient dans la plaine de Saint-Denis en entreprirent le siège. Le connétable de Montmorency, âgé de presque quatre-vingts ans, fut chargé de les dissiper à l'aide des forces royales. La bataille de Saint-Denis fut un succès pour les royalistes, mais le vieux connétable y laissa sa vie. Les Huguenots se retirèrent en direction de Lagny puis de Montereau, soit de leur point de départ.

Pourquoi? parce qu'ils attendaient des renforts du duc des deux-Ponts et qu'ils leurs avaient probablement assigné cette ville comme point de ralliement; parce qu'il s'agissait de protéger leurs arrières et parce qu'enfin, par ces ressources, cette région leur permettait le ravitaillement de leur armée. Ils s'emparèrent de Misy, mirent Courlon qui leur résistait, à feu et à sang, s'emparèrent de la ville de Bray après un siège assez court, et poursuivirent leur marche en direction de Sézanne, se livrant partout au carnage, au brigandage et aux dévastations.

Pendant ce temps, une armée royale chargée d'arrêter cette insurrection, se concentrait à Larchant. Elle était placée sous le commandement du duc d'Anjou, promut lieutenant général. C'était la première campagne du futur Henri III. Comme il n'avait que seize ans, il était assisté, cela va de soi, de compétences militaires, parmi lesquelles Jacques Ier baron de Bray, son fidèle serviteur Carnavalet, et Artus de Cossé qui, cette année là, devait être fait maréchal de France.

A propos de l'attaque de la ville de Bray, l'abbé Hatton, dans ses chroniques, précise:" Les habitants de Provins élurent M. de Lours, gentilhomme catholique demeurant à deux petites lieues, qui accepta la charge et se rendit à Provins pour y faire le service du roi et des habitants, ayant pris pour son lieutenant M. de la Barge, de Moulin d'Ocle, homme bien catholique et religieux.

M. de Lours assembla une compagnie de trois cents hommes, partie de gens d'église, partie d'artisans de ville et de village. Ils furent nourris et payés au dépens de la ville et logés par bulletins dans les maisons des habitants. Mais ils étaient si mal nourris et équipés que les habitants n'en faisaient compte.

Sollicité d'envoyer du secours aux habitants de Bray, assiégés par les Huguenots, M. de Lours leur envoya secours d'hommes et de poudre. En attendant le départ de ce renfort, des messagers furent chargés de porter à Bray douze livres de poudre à canon.

Ils emportèrent ces douze livres jusqu'au-dit Bray, où elles leur fut enlevées par les Huguenots qui avaient passé la rivière de Seine à gué, pour garder et empêcher le secours d'entrer dans la ville. Cent arquebusiers de la compagnie de M. de Lours furent dépêchés sous la conduite de M. de la Barge, son lieutenant, pour mener la nuit au-dit Bray, mais n'y entrèrent pas parce  que, étant aux Ormes, ils apprirent que la ville s'étaient rendue aux ennemis".

Après la prise de Bray, le camp Huguenot séjourné de dix-huit à vingt jours entre Sens, Nogent et Bray. Les villages de Courlon, Montigny-le-Guesdier, Villenauxe-la-Petite, Passy, Noyen, et d'autres villages de la baronnie furent brûlés du feu qu'ils y mirent. Celles de Villiers-sur-Seine, Luisetaines, Paroy, furent réduit en cendres. de nombreuses communes, limitrophes de la baronnie, furent également saccagées.

Vers le 10 ou 12 décembre, le camp huguenot passa la rivière de Seine pour se retirer en Brie, et les paroisses de Saint-Sauveur, Mouy, Les Ormes, Everly, Gouaix furent remplies de cette vermine huguenote(sic) pour garder le passage de Bray, servant d'avant-garde au prince de Condé qui était logé dans cette ville.

Après avoir traversé la baronnie de Bray, la guerre fit le tour de la France pour se terminer, temporairement, par la paix de Saint-Germain en 1570. Après ses exploits militaires, Jacques Ier se trouvait en présence d'un important chantier: la reconstruction de l'église détruite par Condé. Toute la toiture était à refaire. Il semble que la charpente et la voûte aient été réalisées par des charpentiers de bateaux braytois, une profession qui se maintint à Bray jusqu'au début du XXème siècle. La voûte plafonnée fait penser à une carène renversée. Les entraits sont ornées de sculptures évoquant des textes sacrés, des personnages bibliques, un événement au chapitre, et même les armes de la Maison de Savoie.

Jacques Ier profitant des circonstances décida l'agrandissement de l'église en la dotant, côté nord, de hautes chapelles et d'un portail ouvrant sur la rue de l'église, le tout, naturellement selon la style Renaissance. Evidemment, la réalisation de ce programme demanda plusieurs années. A noter aussi la cuve des fonds baptismaux, véritable oeuvre d'art sur laquelle le sculpteur a gravé les blasons de Bray, de France et de Savoie, en de significatives combinaisons. Il porte la date de 1570. Une scène représente la baptême du Christ.

Quatre chapelles furent ainsi réalisées probablement successivement et non simultanément si l'on en juge pat l'évolution du style.

D'autre part, Jacques Ier était également un administrateur qui tenait cette qualité de sa mère. Il entreprit donc l'organisation de la baronnie en la partageant en mairies. A cette époque la mairie était une juridiction ou justice sur un territoire défini et limité sous l'autorité d'un maire ou d'un prévôt.

Un registre établi par Jacques Ier, et conservé aux archives d'Auxerre, donne détail de ces divisions administratives. Nous avons pensé que le lecteur en sera intéressé.

Mairie de Bray- Fiefs rattachés: Mouy-sur-Seine, Grand-Peugny, Petit-Peugny, Jaulnes, Neuvry, Mousseaux-les-Bray, Avigny, Mont-Léon, Briolles.

Mairie de Montigny-le-Guesdier- Fiefs rattachés: Villeceaux, Compigny-les-Bray, Plessis-Saint-Jean, Pailly, La Garenne, Servins, Barrault, La Chenove, La Pommeraie, La Chapelle-sur-Oreuse, Saint-Martin-sur-Oreuse.

Marie de Courlon- Fiefs rattachés: Serbonnes, Bordeau, Dumesnil, Mautret, La Portillon, Haute-Rive.

Mairie de la Villeneuve-aux-Molières- Fiefs rattachés: Les Bordes, Valjouan.

Mairie des Ormes-sur-Voulzie- Fiefs rattachés: Couture, Moulin d'Ocle, Paroy, Sigy, Saint-Sauveur, Servigny, Luisetaines, Savins, Jutigny, Lizines.

Marie de Dontilly- Fiefs rattachés: Sognolles (en partie), Plessis-aux-Chats, Gurcy-le-Châtel, Bécherelles, Chalautre-la-Reposte, Charmoy, Preuilly, Gratteloup.

Mairie de Bazoches-les-Bray- Fiefs rattachés: Balloy, Gravon, La Tombe, les Beaumonts.

Mairie de Vinneuf- Fiefs rattachés: Chaumont, Champigny-sur-Yonne, Villeblevin, Champrond.

Mairie de Passy- Fiefs rattachés: Villiers-sur-Seine, Athis, Les Thurets, Noyen-sur-Seine, La Port-Montain, Vesoul(sic), Grisy, Saint-Pregts, Hautchamps, Champignolles, Villuis, Toussacq, Baby, Plessis-du-Mée, Villenauxe-la-Petite, Villiers-sur-Terre, Vernoy, Vertilly.

Mairie d'Egligny- Fiefs rattachés: Vimpelles, Chatenay-sur-Seine, Bourbitou, Chantecler, Champerreux, Parouzeau, Cutrelles, Villenavotte.

Certains fiefs sont devenus des communes, d'autres sont des hameaux, et quelques-une ont complètement disparu.